Odeljenje za suzbijanje nepravilnosti i prevara u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije (AFKOS) obavlja poslove koji se odnose na:

• preduzimanje svih mera i aktivnosti u cilju zaštite finansijskih interesa Evropske unije i Republike Srbije;
• koordinaciju pravne, operativne i tehničke saradnje, kao i na razmenu podataka o nepravilnostima i slučajevima sumnje na prevaru sa nadležnim institucijama Republike Srbije, kao i sa Evropskom kancelarijom za borbu protiv prevara (OLAF) i sa drugim nadležnim institucijama Evropske komisije;
• organizovanje i/ili sprovođenje administrativnih provera prijavljenih nepravilnosti i sumnji na prevaru;
• prikupljanje informacija za pokretanje postupaka od strane nadležnih institucija radi sankcionisanja nepravilnosti i zloupotreba u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije, kao i pružanje stručne i logističke podrške OLAF-u na teritoriji Republike Srbije;
• identifikovanje slabosti u nacionalnim sistemima za upravljanje finansijskim sredstvima Evropske unije;
• praćenje toka istraga i sudskih postupaka u vezi sa slučajevima sumnje na prevaru u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije i izveštavanje OLAF-a o njima;
• podršku radu Mreže za borbu protiv prevara i upravljanje nepravilnostima u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije (AFKOS Mreža) i razmenu podataka o nepravilnostima i sumnji na prevaru u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije sa članovima AFKOS Mreže;
• upravljanje procesom izrade nacionalnih strateških dokumenata i planova aktivnosti za zaštitu finansijskih interesa Evropske unije i praćenje njihovog sprovođenja;
• koordinaciju aktivnosti povodom usaglašavanja nacionalnih propisa sa propisima Evropske unije u vezi sa zaštitom finansijskih interesa Evropske unije;
• analizu i upravljanje rizicima u cilju prevencije nepravilnosti i prevara u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije;
• organizaciju obuka u cilju zaštite finansijskih interesa Evropske unije;
• učestvovanje u relevantnim pregovaračkim grupama Republike Srbije u procesu pregovora o pristupanju Evropskoj uniji u skladu sa utvrđenim nadležnostima;
• učešće u procesima koji su u vezi sa stručnim usavršavanjem državnih službenika u оdeljenju.